Direktorat Vokasi mengembangkan model kepemimpinan yang dilandasi pada komitmen tinggi dan bersifat kolektif kolegial. Kepemimpinan kolektif dikembangkan untuk menumbuhkan sikap kolaboratif yang saling menguntungkan dan memberi kesempatan kepada seluruh elemen institusi untuk turut ambil bagian dalam membangun sebuah kepastian yang mengakomodasi kepentingan bersama. Kepemimpinan kolektif kolegial melibatkan para pihak yang berkepentingan dalam mengambil keputusan atau kebijakan melalui mekanisme yang ditempuh, musyawarah mufakat dan dengan mengedepankan semangat kebersamaan. Model kepemimpinan tersebut dijalankan dengan berlandaskan pada nilai-nilai jati diri Al-Islam dan Kemuhammadiyahan yang menjadi corporate culture Direktorat Vokasi

Pimpinan seluruh organ dalam struktur organisasi bertanggungjawab dalam pengelolaan tugas kelembagaan secara menyeluruh seperti pada Gambar 2.1. Struktur organisasi dibentuk untuk mendukung pelaksanaan kegiatan akademik dan non-akademik yang dinamis dan progresif dalam persaingan global. Struktur organisasi terdiri atas unsur (a) penyusun kebijakan, (b) pelaksana akademik, (c) pengawasan dan penjaminan mutu, (d) penunjang akademik atau sumber belajar, (e) pelaksana administrasi, dan (f) unsur khusus

Organ (a) penyusun kebijakan terdiri atas Badan Penyelenggara (Persyarikatan Muhammadiyah), Badan Pembina Harian (BPH), Senat Fakultas dan Pimpinan Fakultas; (b) pelaksana akademik terdiri atas Program Studi, dan Laboratorium; (c) pengawasan dan penjaminan mutu terdiri atas satuan penjaminan mutu (SPMI).

Model kepemimpinan kolektif dan kolegial yang dikembangkan di Direktorat Vokasi dilandasi pada komitmen yang tinggi yang diejawantahkan dalam struktur organisasi yang bersifat dinamis dan terbuka mengikuti perkembangan zaman. Hal tersebut memungkinkan Direktorat Vokasi dengan cepat dapat merespon setiap perubahan. Arah kebijakan tata kelola Direktorat Vokasi berbasis pada sentralisasi administrasi, desentralisasi akademik (SADAK) guna mewujudkan otonomi akademik dan nonakademik. Otonomi akademik diselenggarakan oleh Direktorat Vokasi dan Prodi senantiasa diarahkan pada penetapan norma dan kebijakan operasional dalam pelaksanaan catur dharma Perguruan Tinggi secara terencana, berkelanjutan, terukur, dan bermutu tinggi. Adapun otonomi non-akademik diselenggarakan secara tersentral melalui tata kelola organisasi, sistem keuangan, ketenagakerjaan, serta pengembangan entrepreneurship sebagai income center dalam menunjang pelaksanaan kegiatan catur dharma Perguruan Tinggi yang berpedoman pada prinsip GUG yang meliputi aspek transparansi, akuntabilitas (kepada pemangku kepentingan), responsibility (tanggung jawab), independensi (dalam pengambilan keputusan), fairness (adil), penjaminan mutu dan relevansi, serta efektivitas dan efisiensi.

Untuk mencapai hal tersebut, Direktorat Vokasi memiliki 4 Koordinator Bidang meliputi; 1) Koordinator Bidang Pengembangan Akademik dan Teaching Factory; 2)Koordinator Bidang Pengembangan Kerjasama dan Publikasi; 3) Koordinator Bidang Pengembangan Kemahasiswaan, Alumni dan Kewirausahaan; 4) Koordinator Bidang Pengembangan Riset dan Pengabdian pada Masyarakat.   Hal ini disusun sebagai standar pencapaian bersama bagi seluruh sivitas akademik untuk memahami hubungan kerja, tugas pokok, fungsi dari segenap unsur organisasi.